Yesylevskyy, S. Comparison of empirical force fields for bacteriochlorophyll: an influence on hydration and long-time dynamics of bacterial photoreaction centers [Text] / S. Yesylevskyy // Український фізичний журнал : науковий журнал. - 2016. - Т. 61, № 10. - С. 892-898 : рис. 5. - Бібліогр.: с. 897-898 (25 назв)
Физика Молекулярна біофізика Молекулярная биофизика Кл.слова (ненормовані): bacterial photoreaction centers -- Rhodobacter Sphaerodies -- molecular dynamics -- molecular dynamics -- force field -- cofactor hydration -- бактеріальні фотосинтетичні центри -- бактеріохлорофіл -- фотосинтетичні кофактори -- молекулярна динаміка -- силове поле -- гідрація кофактора -- фотосинтетические кофакторы -- бактериальные фотосинтетическое центры -- бактериохлорофилл -- молекулярная динамика -- силовое поле -- гидрацию кофактора Анотація: The choice of an adequate empirical force field for photosynthetic cofactors is the major prerequisite of realistic molecular dynamics simulations of bacterial and plant photoreaction centers. In this work, we compare two available sets of parameters for bacteriochlorophyll in extended 200 ns simulations of photoreaction centers from Rhodobacter Sphaeroides in the membrane environment. It is shown that the most popular and widely used set of parameters produces artifacts in cofactor positions and orientations. It is also shown that the hydration of cofactors may vary, by dramatically depending on the used force field. Some recommendations for the further field development are made. Вибір адекватного силового поля для фотосинтетичних кофакторів є основною передумовою проведення реалістичного моделювання бактеріальних та рослинних фотосинтетичних центрів. В цій роботі порівняно два набори параметрів бактеріохлорофілу у симуляціях методом молекулярної динаміки довжиною 200 нс фотосинтетичного центру бактерії Rhodobacter Sphaerodics у мембранному оточенні. Показано, що найбільш популярний набір параметрів продукує артифакти у положеннях та орієнтаціях кофакторів. Також показано, що гідрація кофакторів може сильно змінюватися в залежності від використаного силового поля. Надано рекомендації щодо подальшої розробки силових полів для фотосинтетичних кофакторів. Дод.точки доступу: Berezetskaya, N.; Olenchuk, M. Є примірники у відділах: ЧЗНЛ Прим. 1 - (вільний) |